Viz též Porovnání více gelů, Statistické vyhodnocení porovnání na více gelech
Porovnání se provádí v okně Srovnání gelů tak, že u vzorků posouváme jednotlivé záznamy v řádku doprava nebo doleva tak, aby u všech stejných vzorků (umístěných na různých gelech) bylo dosaženo zastoupení odpovídajících si hodnot ve stejných sloupcích. Přitom používáme příslušná tlačítka, která se objeví na formuláři vedle dané označené buňky tabulky. V případě, že nějaké tlačítko se neobjeví u této buňky, nelze její obsah v řádku příslušným směrem přesouvat. Při každém přesunu se provádí adekvátní přesun všech potřebných hodnot pro všechny vzorky umístěné na stejném gelu tak, aby nedošlo k jejich vypuštění, přepisu nebo ke změně jejich pořadí.
Efekt přesunu tříd mezi jednotlivými sloupci je možné kontrolovat pomocí změny proměnné "Podíl shody", která je uvedena na ovládacím panelu okna (aktuální hodnota je zvýrazněna, pro možnost porovnání je uváděna i hodnota předcházející). Postupováno by mělo být tak, aby se tato hodnota maximalizovala (přibližovala 100%).
Postup vzájemného přiřazování záznamů několikrát opakujeme pro všechny řádky a to do té doby, dokud není potřeba provést žádné jiné změny.
Může se stát, že pro jeden nebo více vzorků umístěných na více gelech nelze provést vzájemně jednoznačné přiřazení bez toho, aby nebylo narušeno vzájemné přiřazení pro jiné vzorky. V případě, že tato jiná přiřazení nelze opravit, jedná se o příznak buď odlišného chování tohoto vzorku na těchto gelech nebo o příznak odlišné (chybné?) klasifikace zjištěných tříd pohyblivosti na některém z gelů.
To, že lze přesouvat některé záznamy mezi dvěma nebo více sloupci bez změny (narušení) jiných dříve nastavených vazeb (vzájemného přiřazení) je známkou skutečnosti, že není dostatečné opakování některého vzorku na více gelech (minimálně pro vzorky s isoenzymy odpovídající třídy pohyblivosti).
Po vzájemném přiřazování odpovídajících si záznamů se může stát, že v některých sloupcích nebude žádný záznam pro všechny vzorky. Tato situace je jednoduše řešitelná za použití tlačítka Zjednodušit - program sám vyhledá všechny takové sloupce a vypustí je bez porušení konzistence a uspořádání dat.
Poznámka 1: Pomocí nástrojů na spodní liště je možné měnit šíři jednotlivých sloupců (ty jsou číslovány od 0) a definovat setřídění dat podle libovolného sloupce (v jedné nebo obou tabulkách podle příslušného výběru: A - horní tabulka, B - spodní tabulka).
Poznámka 2: Porovnání jedné skupiny gelů je možné provést i opakovaně bez ztráty informace obsažené v databázi.
Poznámka 3: Na porovnání více gelů může navázat statistické vyhodnocení tohoto porovnání.