Alelická kombinace je u diploidního organismu vždy jeden pár alel pro daný gen, který representuje studovaný enzymatický systém (s vědomím, že takovýto popis může být v řadě případů silně zjednodušující). Pro další zpracování v systému IsoEnz je vhodné pro každý enzym / enzymový lokus zapisovat alelické kombinace do jedné tabulky, vytvářet jeden záznam pro každého šetřeného jedince (s možností opakování záznamu podle počtu opakování šetření).
Vlastní alelické kombinace je možno zapisovat jako dvojici libovolných znaků (například AA, AC, xk, ++ atd.), v praxi isoenzymových analýz je však zvykem používat číslování alel 1, 2, ..., 9 a kombinace tedy označovat například 22, 14 (možno i 01, 00). Program při dalším zpracování (Vyhodnocení alelických frekvencí) akceptuje jakoukoli dvojici znaků. Jakýkoli údaj, který není vyjádřen dvěma znaky není považován za údaj alelické kombinace).